До 1989 г. единствената функционираща студентска организация в рамките на българските висши учебни заведения е Димитровският комунистически младежки съюз (Комсомол). След неговото разпускане възникват множество нови студентски организации, сред които Федерацията на независимите студентски дружества (ФНСД), ръководена от Емил Кошлуков. Обща характеристика на тези нововъзникнали структури е тяхната нестабилност и краткотрайно съществуване, често белязано от вътрешни конфликти. Въпреки фактическото отсъствие на единни студентски съвети през този период, в Общите събрания (ОС) на Софийския университет постоянно е била предвидена определена квота за студенти, които да представляват своите колеги.

Освен това, студентските организации са имали свои представители в управителните органи на студентските столове и общежития, на спортните съоръжения при стадион „Академик“, както и представителство пред Министерството на образованието.

Впоследствие, с цел да се преодолеят постоянните спорове относно легитимността и представителността на различните групи, се достига до идеята за законово регламентиране на единен Студентски съвет. Основната цел е неговите членове да бъдат легитимно избраните представители на студентите в Общото събрание на университета. Съответната поправка в Закона за висшето образование е внесена за гласуване и приета от Народното събрание през 1996 г. Основната функция на тази законодателна промяна е да установи легитимността на студентските представители пред ръководствата на университетите и пред Министерството на образованието. По този начин съществуващите дотогава студентски организации престават да бъдат признати институционални партньори, като тяхната роля се поема от Студентските съвети.

Студентските протести от 1997 г. изиграват ключова роля в създаването на Студентския съвет (СС) в Софийския университет (СУ). Макар реално да забавят неговото учредяване, те същевременно допринасят за значителното активизиране и мотивиране на студентската общност. Историческите събития от зимата на студентските стачки са обстойно документирани. Според Петър Якимов, един от лидерите на протестите, първите инициативи срещу правителството датират от края на декември 1996 г., но катализатор на събитията стават действията на полицията срещу протестиращи на 10 януари 1997 г. На 11 януари 1997 г. при значително студентско присъствие в зала 272 е взето решение за започване на ежедневни улични протести и за създаване на студентски протестен комитет с по един представител от всеки факултет. Седмица по-късно е учреден Координационният преподавателско-студентски съвет (КПСС), включващ по един преподавател и един студент от факултет. Тази структура координира както студентските протести, така и контактите с представители на други университети, осъществявайки цялостната организация на протестните действия.

Непосредствено след приключването на протестите и изпитната сесия (която по това време завършва през март), вече учреденият КПСС организира тридневно гласуване в СУ за избор на студентски представители в Общото събрание на СУ – т.е. за състав на Студентския съвет. Избирателната активност на тези първи избори е изключително висока – близо 30% от студентите по списъчен състав гласуват за излъчването на свои представители. Самата процедура по гласуване, включваща предизборна кампания и тайно гласуване с бюлетини, е безпрецедентна за българските университети до този момент. Първоначално са избрани 168 представители, при тогавашна обща численост на Общото събрание на университета от близо 1000 души. Първото заседание на новоизбрания Съвет се провежда на 9 май 1997 г. в Аулата на Ректората. Учредителното заседание е ръководено от Робърт Леви. Кандидати за председателския пост са Петър Якимов (ФМИ) и Владимир Йончев (ФФ) – и двамата сред основните организатори на протестите месеци по-рано. Избран е Петър Якимов.

Пред новосформирания и ентусиазиран Съвет обаче възникват непосредствени предизвикателства: от трудностите по осигуряване на собствено помещение и бюджет, през продължителния процес по изработване на правилник на организацията, до споровете около настанителната кампания през 1997 г. Студентският съвет тогава се опитва да оптимизира процеса по настаняване, но поради постоянни конфликти с тогавашния директор на поделение „Социално-битово обслужване“ (ПСБО) не само не постига успех, но и бива обвинен за възникналото объркване. В резултат на тази ситуация възниква идеята за създаване на Управителен съвет към ПСБО с участие на студенти, преподаватели и администрация. ПСБО функционира съгласно тази структура и към настоящия момент.

На национално равнище Студентският съвет на СУ изиграва съществена роля. След формирането на студентски съвети в повечето висши училища в страната, именно той инициира създаването на единен национален представителен орган на студентите. Националното представителство на студентските съвети (НПСС) е учредено след проведен по темата семинар през 1998 г.